支付寶，這個被估值50億美元的業務，2009年6月以前，其全資控股股東為阿里巴巴集團全資子公司Alipay e-commerce corp，注冊于開曼群島。而雅虎和軟銀分別占有阿里巴巴集團43%和29.3%的股份。

    2009年6月，浙江阿里巴巴以1.67億向支付寶的原股東、阿里巴巴全資子公司AlipayE-commerceCorp收購了支付寶的70%股權；去年8月，浙江阿里巴巴又以1.65億收購了剩下的30%股權。雅虎公司于5月11日向美國證券交易委員會（SEC）提交了一份文件，文件顯示其持股43%的阿里巴巴集團已經將核心資產支付寶的所有權轉讓給馬云控股的另一家新公司。

雅虎發表聲明稱，阿里巴巴攻其不備，在3月31日才告知支付寶所有權變更一事，且未獲得董事會或股東的批準。由此引發的一場關于“民族感情、金融安全、契約精神”等的大討論。被雅虎投資方質疑“偷走”支付寶，對此，馬云回應，這是為了符合央行關于第三方支付企業的股權構成的規定，董事會沒有一次不參與討論，雅虎是知情的。

    6月14日，馬云在杭州召開新聞發布會，自陳終止支付寶協議控制經過：今年一季度，在股東反對、董事會未通過的情況下，馬云做出“非常艱難但惟一負責任”的決定，單方面決定斷掉支付寶與阿里巴巴集團之間的協議控制關系，以獲取央行發放的支付牌照。

    6月22日，雅虎、阿里巴巴和軟銀發布聯合聲明，稱關于支付寶股權的談判已取得“實質性、令人鼓舞的”進展，有望達成協議。

    在聯合申明中，三方稱：“我們的目標是在滿足所有股東利益的前提下，穩步達成協議。我們不會就進一步細節發表評論，直到時機適宜時為止。”

    6月24凌晨，支付寶事件的第三方雅虎召開了股東大會。與日本的和風不同，雅虎女CEO巴茨在股東大會上遭受股東的問題“圍攻”，股東代表認為巴茨導致人才流失、廣告市場份額下降和營收增長乏力，也有股東對雅虎在支付寶事件中的表現表示不滿。但巴茨以“聯合協議已表示不會公布談判細節”為由，拒絕對支付寶問題進行回復。